Lo que suele suceder es que originalmente, hay una estación llamada X (que puede ser o no estar nombrada después de la ciudad donde se encuentra). En algún momento se decide que la zona necesita una nueva estación, y que la nueva estación solo se llamará "Shin-X", lo que debería entenderse como "la nueva X".
A veces la razón por la cual se necesita una nueva estación es porque se planea una nueva línea de Shinkansen para la zona y se determina que la estación existente no es adecuada para acomodarla. Esto es lo que sucedió en Shin-Osaka, por ejemplo: la zona alrededor de la estación de Osaka no tenía suficiente espacio para los desarrollos necesarios.
Sin embargo, puede haber muchas otras razones por las que se necesita una nueva estación. En el caso de Shin-Sapporo, era para servir a un nuevo desarrollo urbano (que por cierto también se llamaba Shin-Sapporo). Uno interesante es Shin-Rifu (en la ciudad de Rifu, cerca de Sendai) que se estableció cuando comenzó a operar el Tohoku Shinkansen, no porque el Shinkansen realmente vaya a esta estación, sino para acomodar a empleados y visitantes del vecino patio de trenes de Shinkansen. La página de Wikipedia en japonés de una estación generalmente tiene una sección de "Historia" donde se da información de fondo sobre su establecimiento.
Y a veces Shin es simplemente parte del nombre "real" de la estación, como con la estación Shintoku (en la ciudad de Shintoku, Hokkaido).
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Nota: El kanji para "shin" es , que significa "nuevo". Deberías ser capaz de deducir el resto a partir de esto.