¿Qué significa el "número de secuencia" en un pase de abordar de avión?

Es el orden en el que has hecho el check-in para el segmento de vuelo. La primera persona en hacer el check-in obtendrá la secuencia 001, y así sucesivamente hasta la última persona que haga el check-in.

Eso no significa que sea el mismo orden en el que obtuviste tu tarjeta de embarque, aunque en la mayoría de los casos recibirías la tarjeta de embarque al mismo tiempo que haces el check-in.

Si obtienes otra tarjeta de embarque, tendrá el mismo número de secuencia (a menos que por alguna razón te hayan desembarcado del vuelo en ese tiempo), incluso si es impresa por otra aerolínea.

Algunas personas intentan competitivamente obtener el número de secuencia 001. Supongo que todos necesitan tener un hobby. [En algunos casos es relevante, por ejemplo, por un tiempo British Airways priorizaba las actualizaciones por quien hacía el check-in primero (entre otras consideraciones), y United Airlines lo utiliza como desempate si dos personas tienen de otro modo la misma prioridad para una actualización automática.]

El sistema de reservas de Apollo no utiliza números de secuencia.